月经第三天肚子疼，首先考虑痛经，月经期间体内分泌的前列腺素增多，容易造成子宫痉挛，造成肚子疼痛。再者考虑是在月经期洗凉水澡或者吃了凉的食物，容易造成着凉造成腹部疼痛。排除以上两种原因考虑是妇科炎症造成的，有盆腔炎，子宫内膜炎，在月经来潮以后症状加重，会造成腰酸腰疼，小肚子下坠疼痛，可以进行B超检查确诊。