发生夜间肚子咕咕叫首先要考虑的是正常的生理因素，比如因为胃里的食物已经排空，此时处于饥饿状态，肚子咕咕叫需要补充食物来缓解。第二，也可能是因为胃肠内有空气，在运动时，在消化过程中，产生肠鸣音，也可能表现出打嗝，放屁等表现。若果患有消化道疾病，如胃炎、胃溃疡、十二指肠溃疡等，可造成菌群紊乱，消化功能消不正常，表现为肠道气体增多或肠胀气等。