早晨起床感觉肚子疼，可能有以下几种原因：1、前一天晚上饮食过量或者过于油腻。这种情况一般排便后即可缓解，需要注意合理饮食。2、晚上睡觉、早上起床时不注意保暖，而造成腹部受凉。建议晨起后注意保暖，适当饮用温水。3、如果排除了上述两种情况，有可能是肠易激综合征、慢性肠炎等胃肠道疾病，也可能是肝脏、胆囊方面的疾病，若是女性还需考虑妇科疾病等。建议及时到医院就医，在医生的指导下用药。