新生儿红斑狼疮起病急累及系统多，症状多不典型。多数有发热、甚至高热、皮疹、紫癜、肾脏损害。但是皮疹多数不典型呈多形性，盘状红斑或蝶形红斑较少见。肾脏受累较成人多肾衰风险很大。肺部多表现肺部感染、肺间质病变。还可以表现出心脏受累主要表现胸痛，心电图异常，可有肺动脉高压、心衰表现。神经性脑病也多见，表现为癫痫抽搐、晕厥等。