抗生素相关性腹泻的症状以腹泻为主。临床症状可轻可重，轻度病人可以只表现为大便稀，每天2-3次，持续时间比较短。中度病人表现为腹泻次数较多，大便中可以表现出红细胞、白细胞，可合并有变形杆菌、假单胞菌、非伤寒沙门菌等肠道机会菌感染，这一型的腹泻容易被误诊是感染性腹泻而使用大量的抗生素，造成抗生素和腹泻形成恶性循环，加重病情。重度病人则可以表现为腹泻呈水样，每天达到10-20次，伴随发热，腹部不适，里急后重感，甚至会表现出恶心呕吐，胃肠功能衰竭等，严重者会并发肠穿孔。