抑郁症的躯体疼痛的原因还不明确，有理论认为抑郁症患者的大脑上行激动系统，也就是高级中枢对低级中枢的控制作用是减弱的。正常的情况下高级中枢可以抑制低级中枢的反应，可以让患者不去关注低级中枢支配下的内脏活动，可以使注意力放到身体以外的事情上，比如学习、工作和社交。但是患者的高级中枢失去对低级中枢的控制或者控制减弱的时候，更多的感受到内脏的活动，可能会有躯体疼痛的感觉。