手足口病的传染源是一组肠道病毒，是一种小RNA病毒。临床造成发病的主要是科萨奇病毒的一部分、埃可病毒以及肠道病毒71型，（简称EV71型）。因为EV71型感染相对的手足口病重症发生率高、病死率高，手足口疫苗主要是针对e v71型病毒生产的。六个月到五岁的头尽量全程注射手足口疫苗，防止感染，减轻手足口病重症发生。