扁桃体发炎39度，考虑还是炎症造成的，因此说可以在选用敏感的抗生素积极控制炎症的同时辅助退热药，可以选用静脉注射如地塞米松或者是来比林，当然如果口服用药能够退烧的情况下，最好还是先选择口服退热药，比较常用的包括小儿布洛芬颗粒或者是对乙酰氨基酚，这些退热效果还是不错的，此外也可以辅助物理降温或者是贴敷退热贴，肛门用退热栓等治疗。多喝水清淡饮食，注意休息，这些都有助于炎症的消退。