射精时腰疼有可能是因为肾虚，也可能存在腰肌劳损等等疾病的。此外如果有存在肾结石，前列腺疾病也有可能会表现出类似的表现，需要考虑去医院检查一下尿常规和泌尿系统B超。若是有肾结石，小的是需要考虑经过药物帮助排除，比如说肾石通颗粒。如果检查没有任何问题，平时需要注意休息，适当的按摩。同时可以配合一些补肾的中药。