治疗慢性萎缩性胃窦炎，主要治疗原则就是选择胃黏膜保护剂，以及促进胃肠道蠕动的药物。如果有急性的病原菌感染，比如幽门螺旋杆菌感染，还需要选择抗生素治疗。可以做一下呼气试验进行确诊。可以选择铝碳酸镁片配合西沙必利、碳酸氢钠进行对症治疗。常用的抗生素，可以选择阿莫西林、庆大霉素、复方黄连素。平时应当进食有规律，防止精神紧张，防止食用刺激性较大的食物和药物，同时还需要戒除烟酒。