一旦发现慢性肠胃炎，首先要进行相关的检查，比如胃镜、肠镜，或者做大便培养来了解慢性胃肠炎的病因以及病变程度、严重程度，然后根据这些情况给予一些药物治疗。比如胃肠炎有反酸的患者，可以用质子泵抑制剂来治疗。而如果是有腹痛的患者，则建议可以用益生菌来治疗。