小结石可以用刮匙或钳子取出来，剩下的可以用负压吸出，而大结石必须在表面麻醉后切开粘膜取出。扁桃体结石的治疗原则是取出结石并且消除炎症，以防复发，治疗方针有保守治疗和手术治疗两种。病人可以经过服用一些药物来进行保守治疗，可以在口内含一些药片，还可以使用一些中成药物来清热解毒，同时病人还可以选择在饭后使用漱口液如淡盐水漱口。