女性在怀孕两周时最佳的流产方式一般是药物流产。首需要进行B超、白带常规、血常规等检查，及时排除禁忌症。之后需要在医生的指导下使用米非司酮和米索前列醇进行药物流产，在流产后的10天，就得要及时去医院的妇产科复诊。