怀孕40天时做药物流产是否需要清宫，要根据药物流产是否成功决定。使用药物流产后，经过超声检查宫腔内并没有胚胎组织，胚胎组织全部流干净是不需要清宫的。若超声提示宫腔内有残留物，而且残留物较大，伴随腹痛以及阴道出血量多的症状需要及时的二次清宫。使用药物流产前需要先进行相关的检查化验，确定身体是否能耐受药物流产，排除禁忌症。