怀孕40天的时候吃感冒药导致胎儿畸形的概率很高。由于怀孕40天胎儿多器官正处于分化的关键时期，如果随便服用感冒药会影响到孩子正常。这个时候建议家长定期去医院进行B超的检查，以确定孩子各个器官系统的发育情况。一旦发现孩子生长发育畸形，要积极采取措施进行治疗。