幽门螺旋杆菌用药的副作用有以下几点：1。阿莫西林克拉维酸钾片、克拉霉素等抗生素，会刺激胃产生恶心、呕吐、反酸、烧心、泄泻等胃肠道不良反应；2。杀除幽门螺旋杆菌的药物对肝脏有一定的损害，服用后会导致转氨酶升高，所以不提倡长时间服用，不然会对肝脏功能导致不良影响；3。治疗幽门螺旋杆菌的药物中有一种铋剂，即枸橼酸铋钾颗粒，服用后可能会表现出口腔有异味。