巴氏腺囊肿的病人多是由于混合性细菌感染性造成的，急性炎症发作的时候，建议保持外阴的清洁卫生，可以用碘伏消毒。如果已经形成脓肿，建议尽早切开引流治疗。也可以口服喹诺酮类，比如阿奇霉素，或者头孢菌素，比如头孢克肟，以上两类药物都建议和甲硝唑赖联合抗感染治疗。同时可以进行局部坐浴，比如使用1:5000的高锰酸钾。