巧克力囊肿手术最好的时间一般在月经干净后3-7天做。巧克力囊肿是因为子宫内膜异位在卵巢上面造成的，卵巢是在盆腔里面，这个时间月经干净了，子宫内膜比较薄，盆腔充血不明显，手术可以减少出血；如果月经后做或是月经期做，可能造成月经不调，盆腔充血造成出血增多，而且也可能造成愈合恢复慢。