巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变。一般情况下子宫内膜生长在子宫腔内，每月脱落一次形成月经，如果月经期脱落的子宫内膜碎片随经血逆流经输卵管进入盆腔种植在卵巢表面，每次月经局部都有出血，使卵巢增大，形成内含陈旧性积血的囊肿，这种陈旧性积血呈褐色，粘稠如糊状似巧克力，因此又称为巧克力囊肿。巧克力囊肿的典型症状是下腹痛和痛经，为继发性痛经进行性加重，疼痛多位于下腹部，腰骶部及盆腔中部，有时可放射至会阴部，肛门及大腿。常于月经来潮时表现出并持续至整个经期。粘连严重的卵巢异位囊肿病人可能并无疼痛。少数病人可表现为持续性的下腹痛，经期加剧。此外卵巢巧克力囊肿的病人还会造成性生活的不适或者是继发性的不孕。