巧克力囊肿手术治疗可以选择开腹手术或者是腹腔镜微创手术，并且根据病人年龄、生育要求、手术切除的范围也是不同的。如果病人年龄较大且没有生育要求，近绝经期的女性可以直接将卵巢切除，这样从根本上可防止巧克力囊肿复发。若是年轻病人，有生育要求或者是有保留卵巢的愿望，那么就应当行单纯的囊肿剥除手术，并且术后要配合亮丙瑞林等药物治疗，可预防巧克力囊肿复发。