当前巧克力囊肿的治疗方法主要有药物疗法和手术疗法两大类，得了巧克力囊肿应当根据具体情况在医生的指导下选择最适合的治疗方法。若病程较短，可采用药物或手术切除囊肿组织等方式进行治疗，若病程较长，可采用手术切除卵巢及囊肿蒂扭转。