巧克力囊肿是会痛的，可能和以下两点原因有关。一是因为巧克力囊肿正常伴有的有宫颈粘连，宫颈粘连以后就会不断的表现出充血水肿，产生炎性疼痛物质，造成疼痛。二是巧克力囊肿也可以不断的增大，甚至是有破裂的可能，所以可以有痛的表现。