巧克力囊肿是会影响月经的。子宫内膜异位囊肿也叫卵巢巧克力囊肿，是具有生长功能的子宫内膜（腺体和间质）生长于卵巢部位所引起的疾病。异位的子宫内膜在激素的作用下，周期性脱落出血，血排不出来，聚集在卵巢内形成囊肿，因其内容物为暗褐色似巧克力样，糊状陈旧性的血性液体，故称为卵巢巧克力囊肿。子宫异位囊肿，一般发生于生育年龄的女性，直接影响女性怀孕以及出现痛经，月经不正常以及慢性的盆腔炎等。临床表现主要是痛经，继发性，渐进性的加重，不能缓解，以及慢性的盆腔疼痛。50%的患者合并不孕、月经异常、月经量少或者月经量多、月经不规律、盆腔包块，还有特殊部位的异位囊肿。如剖宫产手术部位的异位结节，以及尿道的异位囊肿，还有消化道的异位囊肿都有可能。