临床数据显示：在巧克力囊肿的病人中，有不孕症的大概在约30-70%。这是由于病人常因盆腔器官粘连，使输卵管蠕动受阻或输卵管堵塞等机械因素造成不孕，亦可能为卵巢功能不全，自身免疫反映增强，泌乳素增高等因素有关。巧克力囊肿会不会影响怀孕，这还要看病人囊肿的大小，是否影响排卵等表现综合诊断。