孕酮低的主要原因是由于体内的激素水平发生变化造成的。一般有过宫外孕或者不孕症的女性，容易造成体内发生孕酮低的症状，此外女性体内的黄体酮功能不全的时候也容易造成这种现象，甚至女性患有肾上腺疾病的时候或者甲状腺疾病的时候，容易影响卵巢的功能，因此造成孕酮偏低。如果发生孕酮偏低的时候，有可能会造成女性发生月经紊乱的现象。