卵巢巧克力囊肿的危害主要有以下三点，第一点是痛经，第二点是盆腔包块，第三点会引起不孕症。首先，痛经。卵巢巧克力囊肿导致的痛经非常严重，甚至影响正常的生活。在月经前期即会出现下腹坠胀不适的感觉，持续整个月经期，有些甚至非月经期也会出现下腹部的疼痛不适的感觉，尤其是在同房或者行妇科检查时可以明显的感觉到触痛。其次，盆腔包块。卵巢巧克力囊肿随着时间的延长，盆腔会出现巧克力样的液体，加之周围组织的包裹，从而形成包块，包块大于4cm，或者伴有卵巢肿瘤标志物的升高，有手术探查的指征。最后，不孕。由于卵巢巧克力囊肿组织的粘连与周围组织的侵蚀作用，会导致输卵管的不通畅或者通而不畅，从而影响怀孕。