子宫颈腺囊肿绝大多数情况下是子宫颈的生理变化。子宫颈转化区内鳞状上皮取代柱状上皮过程中，新生的鳞状上皮覆盖子宫颈腺管口或伸入腺管，将腺管口堵塞，导致腺体分泌物引流受阻，储留形成囊肿。子宫颈局部损伤或子宫颈慢性炎症时，腺管口狭窄也可导致子宫颈腺囊肿，形成镜下见囊壁被覆单层扁平、立方或柱状上皮。浅部的子宫颈腺囊肿检查间宫颈表面突出单个或多个青白色小囊泡，容易诊断。子宫颈腺囊肿通常不需处理。但深部的子宫颈腺囊肿，子宫颈表面无异常，表现为子宫颈肥大，应以子宫颈腺癌鉴别。