扁平疣的发生原因主要和机体免疫力有关如机体免疫力低下、污染器物感染皮肤破损部位造成扁平疣。如扁平疣疣病毒处于活跃期疣体内含有大量的活跃病毒，可造成成群或多处分散的扁平疣生长。此外如刷子、毛巾、针等间接传播也是造成扁平疣的重要原因。