子宫颈囊肿绝大多数情况下是子宫颈的生理性变化。子宫颈转化区内麟状上皮取代柱状上皮过程中，新生的鳞状上皮覆盖子宫颈腺管口或者伸入腺管，将腺管口阻塞，导致腺体分泌物引流受阻，潴留形成囊肿。子宫颈局部损伤或者子宫颈慢性炎症使腺管口狭窄，也可以导致子宫颈腺囊肿形成。子宫颈囊肿通常是不需要处理的。但深部的子宫颈腺囊肿，子宫颈表面无异常，表现为子宫颈肥大，应注意与子宫腺癌鉴别。