头部神经痛主要是三叉神经痛以及舌咽神经痛。三叉神经和舌咽神经都是具备一般躯体感觉神经纤维的颅神经，这两者也都是从脑干下端发出来，其中枢段靠近脑干的部分尚未形成神经鞘包裹，脑干附近小动脉袢如果有动脉硬化的话，其搏动就可能会对这两对脑神经表面痛觉神经纤维产生刺激或者骚扰，病人也就可能会表现出和血管搏动节律一致的疼痛。