大多数艾滋病的阻断药物会有一定的副作用，艾滋病的阻断药物也就是艾滋病的抗病毒药物，目前国际上共有六大类共30多种药物，分别是核苷类反转录酶抑制剂、非核苷类反转录酶抑制剂、蛋白酶抑制剂、整合酶抑制剂、融合抑制剂、CCR5抑制剂，主要的常用药物有替诺福韦、阿巴卡韦、拉米夫定、恩曲他滨、替诺福韦、齐多夫定、依非韦伦、多替拉韦、拉替拉韦、奈韦拉平、依曲韦林。这些药物常见的副反应一般会有胃肠道刺激症状，以及会出现皮疹，如果副反应不严重时，不需要特殊治疗。有些药物会有比较严重的副反应，如替诺福韦如果长期应用，会出现肾毒性的副反应，还会出现钙磷代谢异常，可能出现钙的丢失而诱发骨质疏松。齐多夫定有时会出现骨髓抑制的副反应，会出现白细胞、血小板下降等，所以在用药期间需要定期监测。