双侧卵巢、巧克力囊肿还是比较严重的。虽然卵巢巧克力囊肿大多数属于良性病变，是育龄期妇女最常见的疾病之一。但是，双侧巧克力囊肿往往会导致经期疼痛比较严重，会导致盆腔的致密性粘连，会引起慢性盆腔痛尤其对于有生育要求的患者，两边都有囊肿，那么继发不孕的可能性是非常高的，会导致卵巢的功能受到影响，无法排卵。所以如果发现双侧卵巢巧克力囊肿，还是应该尽早作出处理，可以通过药物治疗，也可以通过手术治疗；目前腹腔镜下的手术，加上术后药物治疗是卵巢巧克力囊肿治疗的金标准。