根据你的描述情况，最近两个月，一岁三个月的女儿去上幼儿园了，然后晚上睡觉总是睡个两三个小时就哭个不停，怎么哄都不起作用，除非叫醒她就好了，考虑以下病因造成，第一需要考虑缺钙造成，第二需要考虑睡眠障碍综合征造成。建议小儿内科脑电图检查，微量元素化验检查，结合临床检查，明确病因，在做治疗。