先天性巨结肠手术费用，根据医院等级不同，收费标准不同，根据手术方法不同，费用不一样，二甲医院经腹部常规手术，大概费用在1万元左右，三甲医院在2万元左右，腹腔镜手术二甲医院在15000元左右，三甲医院在3万元左右。