随着肠镜设备的更新和肠镜技术的提高，很少表现出不良反应。部分病人可能会表现出轻微的腹胀、腹痛、肛门口的不适等，可能是由于做肠镜时牵拉充气等刺激有关，一般很快便会消失。如果存在肠道的疾病，肠镜检查还是很有必要的，能直观的发现病灶，还可以取活检做病理来确定病变的性质，对病情的诊断和治疗都有很大的价值。