做肠镜检查副作用不是太大，但做肠镜属于有创的检查方法，容易损伤肠道黏膜，因此会造成不适感，或者表现出肠道黏膜的损伤，造成消化不良、小腹部胀痛不适等表现。总体来说利大于弊，因此是临床上比较多见的一种检查肠道的方法，对结肠疾病具有针对性的诊断，如结肠炎症、肠道黏膜糜烂或者肠道内有增生组织、结肠癌等，都可以经过做肠镜检查并明确诊断。做肠镜检查前需要做清肠处理，有利于清除肠道内的粪便及食物残渣，更有利于肠镜观察肠黏膜的病变。虽然做肠镜会造成腹胀、腹痛等不适感，但大部分症状可自行消失，或者检查以后经过适当的调理，一般都会恢复。