做肠镜是没有什么副作用的，如果病人选择的是普通肠镜，这时候副作用就可能会导致肠道，特别是肛门直肠粘膜表现出损伤。因为普通肠镜多见病人可以导致比较疼痛的情况，这时就会造成直肠或者是肛门收缩，因此导致多见损伤直肠或者肛门。如果病人选择无痛肠镜，主要的副作用就是马瑞造成的，比如说病人术术后会表现出头晕、头痛以及恶心呕吐的良反应。这时两小时左右就可以完全恢复正常，因此建议病人不需要过于紧张，肠镜检查是没有太大副作用的。