杆菌也是一大类细菌，例如球菌和杆菌。它主要根据形状进行划分。杆菌的形状像杆。它正常是圆柱形或椭圆形的。大部分细菌是直的或略微弯曲的。细菌的末端大多是钝的和圆形的，少数被截断或弄尖。可以分为单细菌，例如大肠埃希氏菌，以及双细菌，例如鼠疫耶尔森菌，以及链球菌，球菌，棒状杆菌和分枝杆菌，例如结核分枝杆菌和双歧杆菌等。