三岁儿童牙齿发黑的第一种原因是单纯的色素沉积，它是由于家长没有认真的给儿童刷牙漱口，使得牙面上出现了黑色色素的沉积，临床症状就是牙上出现黑色的斑点，斑块，甚至是沿着牙龈牙龈缘一条黑色的线条。治疗方法，首先家长要及时认真的给儿童来刷牙，去除掉牙齿表面的食物残渣和色素。另外如果刷牙确实是刷不掉牙面上的色素，可以去医院进行超声波洗牙治疗，或者是牙齿表面的抛光，来去除牙面的色素。儿童牙齿发黑的第二种原因是出现了蛀牙，蛀牙它不但会造成牙面黑色色素沉积，还会引起牙体的硬组织缺损，形成牙洞。这时家长要及时带儿童进行龋齿的治疗。