肝内胆管结石，如果仅仅发生在部分肝叶或者区段内，可以没有症状，或者症状很轻微，往往被忽视，容易误诊。如果发生在范围比较广泛的肝内胆管内，症状也可以比较严重，常见的症状是右上腹部的疼痛，肝区的疼痛，这种疼痛可以比较剧烈，同时伴有寒战、发烧等胆道感染症状，也可以出现黄疸。如果长期的广泛的肝内胆管结石，可以导致肝脏的硬化、肝纤维化以及肝内的脓肿，甚至出现肝胆管癌。