肛痿的原因多为一般性化脓感染，少数为结核性，克罗恩病、溃疡性结肠炎、恶性肿瘤、肛管外伤等也可形成肛瘘。大多数肛痿起自肛管直肠周围脓肿，当脓肿自行破溃或切开引流处成为外口；脓肿缩小，形成感染性管道，其原发病灶成为感染源不断进入管道内口，因此经久不愈。外口皮肤生长较快，常常假性愈合，以致又破溃，反复发作。