大部分的肛瘘都穿越了肛门括约肌，但皮下黏膜下肛瘘是个例外。这是两类最表浅的肛瘘，基本都位于括约肌的内侧。位于肛缘皮下的叫皮下瘘，肛缘一周都可能发病。离肛缘都很近，一般不超过5cm，内口位于与外口对应的齿线处。位于直肠黏膜下的叫黏膜下肛瘘，内口位于同点位齿线。数外口或数瘘管，如果就只有一个，称为单纯性肛瘘，如果是多个，就叫复杂性肛瘘。但有些瘘管过长，或弯曲，临床也可以称为复杂性肛瘘。复杂性肛瘘有时是单内口，有是是多内口，这要分清，因为临床的治疗方法不同。