一般认为肛瘘是肛门直肠周围脓肿的后遗症。而肛门直肠周围脓肿95%是因肛门腺感染引起，大致引起的原因有以下几种：

(1)肛门周围脓肿：主要因污染粪便滞留肛隐窝，引起肛腺炎，导致肛门周围脓肿，是肛瘘形成的主要原因。

(2)直肠肛门损伤：外伤、来自消化道的骨性异物、金属、肛表及肛门窥器检查损伤肛管直肠，细菌侵入伤口即可引起肛门周围脓肿。

(3)肛裂：肛裂反复感染，可引起皮下瘘，也可引起肛腺炎。

(4)会阴部手术：内痔注射过深或手术后感染，产后会阴缝合后感染，前列腺、尿道手术后感染等，均可波及肛门直肠引起脓肿及瘘。