调查肛瘘手术后复发的原因，95%以上是因为没有准确的找到内口，或没有把感染的原发病灶，感染的肛窦、肛门腺导管和肛门腺以及瘘管的支管、空腔完全彻底清除干净，因为祸根没有除掉，所以才会复发，所谓“隐患除之务净，不尽则终将为害也。”由于肛窦很小，肛门腺导管和肛门腺走向弯曲，有的向上，有的向下，广泛分布在括约肌间隙之间，感染后可以四处蔓延，形成弯曲而有多个分支死腔的复杂情况。所以手术时要准确找到原发内口，不是一件很容易的事，特别是内口有二个以上，位置较高的高位复杂性肛瘘，就更困难了，万一找不到内口，或在找寻中，人为的用探针捅出了一个内口，手术后就会出现伤口不愈合，或再次出现肛瘘不时破溃流脓的情况。