1、肠腔中的粪便、肠液和气体继续进入瘘管，刺激管壁，使管壁结缔组织增生变厚，管腔难以闭合;

2、内口的存在，脓肿虽然破溃或已切开引流，但原发感染源如肛窦炎或肛腺感染依然存在，肠腔内容物还可从内口继续进入瘘管;

3、管道多在不同高度穿过肛门括约肌，括约肌收缩阻碍脓液排出，以致引流不畅。

4、肛门部不能静养，脓腔不易粘合，排粪、排尿时，因括约肌收缩或因炎症刺激肛门括约肌，使肛门括约肌经常处于痉挛状态;

5、脓腔引流不畅，或外口缩小，时闭时溃，脓液蓄积腔内，导致脓肿再发并穿破而形成新的支管或瘘道;除此之外，结核克隆重氏病、溃疡性结肠炎等都是形成肛瘘的原因。

6、对于已经患有肛瘘的患者，特别要注意要远离烟酒，烟酒的刺激会加重病情，还会导致疾病的反复发作。此外患者还需要注意肛瘘这种疾病不可以忽视，如果不治疗严重的会导致癌变，因此建议及时采取有效措施。