慢性肠胃炎的治疗方式是如果存在细菌的感染，则需要在医生的指导下使用敏感的抗生素积极治疗，如果伴随真菌感染，则需要遵医嘱使用制霉菌素、二性霉素B等抗真菌的药物缓解症状。如果出现呕吐腹泻，则必要时需要使用止吐以及止泻药治疗。如果出现胃酸分泌过度，则需要遵医嘱使用质子泵抑制剂、H2受体阻滞剂等药物缓解症状。如果伴随消化不良的现象，则需要遵医嘱使用促进胃动力的药物治疗。