对于肛瘘的发病原因，大部分人都认为性激素是导致肛瘘发病的最为主要的原因，在青春期的时候，人体自身的性激素开始活跃，随即一部分皮脂腺，特别是肛腺开始发育增殖，男青年较女性增生明显。由于肛腺分泌旺盛，若加上肛腺排泄不畅或肛腺管阻滞，则易感染引起肛腺炎，这可解释男性青壮年为何肛瘘发病率较高。但是女性的肛管比较的直，所以肛瘘的发病率比较的低，而到了老年的时候，人的肛管也开始萎缩，所以患肛瘘的人也比较的少。