强直性脊柱炎的病因与遗传因素有关，家系调查发现在强直性脊柱炎患者的第一代亲属中，发生强直性脊柱炎的危险性比一般人群高出20～40倍。孪生子女的调查中发现：单卵孪生中，另一个患病的可能性超过50%。基因背景是强直性脊柱炎易感性的主要决定因素。