在中国，理疗师证书的颁发和管理是由多个相关部门共同协作完成的，我们需要明确一点，中国目前并没有专门针对“理疗师”这一职业的独立资格证书，但与其相关的资格认证可能包括康复治疗师、中医推拿按摩师等，这些证书的颁发通常涉及到以下几个主要部门：

1、教育部：在教育阶段，学生接受康复医学或相关专业的学习，其毕业证书由教育部认可的高等教育机构发放。

2、人力资源和社会保障部（原劳动和社会保障部）：在职业技能鉴定方面，理疗相关的职业技能等级证书如康复治疗士、中医推拿按摩师等，由该部门设立的职业技能鉴定指导中心或者地方相应的人力资源和社会保障局进行考核并颁发。

3、卫生健康委员会（原卫生部）：对于医疗行业的从业人员，他们的执业证书，如医师、护士等，由卫生健康委员会颁发，虽然不是直接针对理疗师，但具有这类证书的专业人员可以在医疗机构中从事理疗工作。

4、中医药管理局：对于中医类的理疗师，例如针灸师、推拿按摩师等，其专业资格认证则由中医药管理局负责。

5、各地的行业协会或学会：一些行业内部也会有自己的培训与认证体系，比如中国康复医学会、中国针灸学会等，他们也会对相关人员进行专业能力的认定和发证。

理疗师的证书可能由上述任意一个或几个部门的盖章，具体取决于你所追求的证书类型和领域，随着我国对健康管理及康复服务需求的增长，未来可能会有更具体的理疗师职业资格认证制度出台，这将为理疗从业者提供更为清晰的职业发展路径和权威的认可。