健康管理师证书的管理在中国主要由国家卫生健康委员会（原卫生计生委）和人力资源和社会保障部共同负责，这两个部门对健康管理师的职业资格认证、培训标准、考试组织以及证书发放等环节都有明确的规定和监管。

国家卫生健康委员会作为我国公共卫生服务的主要提供者和管理者，对于健康管理师的专业技能和知识体系有着深入的理解和要求，他们参与制定健康管理师的职业标准，规定了健康管理师应具备的专业知识和技能，同时也会对相关培训机构进行资质审核，确保其教学内容和质量符合行业规范。

人力资源和社会保障部则从职业资格认定的角度出发，负责健康管理师的职业资格证书的颁发和管理工作，他们依据《中华人民共和国劳动法》等相关法律法规，设立并维护全国统一的职业资格证书制度，包括健康管理师在内的各类职业资格证书的申请、考核、注册、验证等工作都在其管理范畴之内。

中国健康促进与教育协会等行业协会也发挥了重要作用，他们在健康管理师的专业培训、继续教育、职业道德建设等方面提供了有力的支持和指导。

健康管理师证的管理涉及多个层面，既有政府机构的宏观调控，也有行业协会的自律规范，形成了一个全方位、多层次的管理体系，以保证健康管理行业的专业性和公众的健康权益。